Nato in una famiglia di giuristi, magistrati e docenti universitari, dopo la laurea con lode in Giurisprudenza, nel 1988 fonda un gruppo giovanile vicino alle posizioni dell'allora Sindaco di Palermo Leoluca Orlando[1]. Nel 1991 è tra i fondatori del Movimento per la Democrazia - La Rete, movimento per il quale è candidato alle elezioni regionali in Sicilia[1] e nel 1993 è eletto sindaco del Comune di Sciacca[2]. Nel 1997 si ripresenta alle elezioni comunali con una lista civica denominata "Lista Messina" e con l'appoggio di Rifondazione Comunista viene rieletto[1]. Nel 1998 aderisce all'Italia dei Valori di cui diviene portavoce regionale fino al 2003[1]. Nel 1999 il suo mandato da Sindaco viene interrotto da una mozione di sfiducia approvata dal Consiglio Comunale[1][3]; in seguito a ciò Leoluca Orlando tiene un comizio a difesa di Messina ed accusa i consiglieri comunali della città di collusione con la mafia: per quella vicenda l'allora Sindaco di Palermo fu condannato, con sentenza definitiva, per diffamazione[4][5]. Alle elezioni politiche del 2001 Ignazio Messina è candidato alla Camera dei deputati nella Lista Di Pietro-Italia dei Valori nella circoscrizione Sicilia 1 in quota proporzionale[6][7] ed anche nel collegio uninominale di Sciacca dove raccoglie 4.301 voti e non viene eletto[8]. Nel 2002 si fa promotore di una iniziativa per istituire Sciacca come decima Provincia siciliana[9], ma la proposta finisce nel nulla. Nel 2004 si ricandida come Sindaco del Comune di Sciacca, ripresentando la "Lista Messina" e con l'appoggio di Rifondazione Comunista e Verdi[2], ma non riesce a superare il primo turno. Eletto consigliere comunale, al ballottaggio fa apparentare la lista portante il suo nome con la coalizione di destra che sostiene il candidato Sindaco di Forza Italia[10] ed è determinante per la sua vittoria, a scapito di tutto il resto del cartello di centrosinistra (compresi Verdi e Rifondazione Comunista, suoi alleati al primo turno)[11]. Messina diventa vicepresidente del Consiglio Comunale[12] e sostiene la maggioranza per tutto il mandato[1]. Alle elezioni politiche del 2006 è candidato al Senato della Repubblica nelle liste bloccate dell'Italia dei Valori nella circoscrizione Sicilia[13] e nella circoscrizione Veneto, come numero 2 dietro Franca Rame[14], non risultando però eletto. Alle elezioni politiche del 2008 viene eletto alla Camera dei deputati nella lista dell'Italia dei Valori nella Circoscrizione Sicilia 1 e va a ricoprire il ruolo di responsabile nazionale degli enti locali dell'IdV[1][15]. Nello stessa tornata elettorale è candidato alle elezioni regionali in Sicilia con la lista dell'Idv nel collegio di Agrigento, dove raccoglie 265 preferenze[16]. Alle elezioni politiche del 2013 è candidato alla Camera dei deputati con la lista di Rivoluzione Civile in terza posizione nella circoscrizione Campania 1, quarta in Puglia e Piemonte 2, ma non in Sicilia[17][18], ma non è eletto a causa del mancato superamento della soglia di sbarramento da parte della lista. Il 30 giugno 2013 viene eletto Segretario nazionale al Congresso dell'Italia dei Valori, succedendo ad Antonio Di Pietro[19][20]. Si è candidato, alle Elezioni europee del 2014 (Italia) del maggio 2014 come capolista di Italia dei Valori in tutte le Circoscrizioni d'Italia, ma non è eletto con 343 preferenze..